à la suite de la Révolution des Åillets, la Timor portugais déclara son indépendance qui fut acceptée par le Portugal le 28 novembre 1975. Durant cette période, le Timor portugais passera sous plusieurs juridictions différentes : Les premiers européens à arriver dans la région étaient les portugais en 1515. A partir du 16e siècle plusieurs pays européens (le Portugal, l’Espagne, les Pays-Bas et la Grande-Bretagne) tentèrent de dominer le marché des épices depuis sa source, c’est-à-dire en Inde et aux Moluques. L’Eglise a toujours su rester tolérante et s’adapter. La capitale a été déplacée de Lifau à Dili en 1769, en raison des risques dâattaques des Topasses, qui gouvernaient plusieurs royaumes locaux (Liurai). C’est ici que réside la grande réussite du catholicisme à Flores. Après une tentative infructueuse d’implantation à Java ouest, ils continuèrent leur route vers les Moluques, connues également sous le nom d’ « îles aux épices ». 7 décembre 1975 : invasion de Timor-Est - L'armée indonésienne du dictateur Suharto envahit l'ancienne colonie portugaise. Incapable de contrôler le conflit avec les quelques troupes dont il disposait, Lemos Pires décida en août 1975 de quitter Dili avec son état-major et de transférer le siège de l'administration à l'île d'Atauro (située à 25 km de Dili). Au XVIIème siècle, pour assurer la scolarité de leurs enfants, les parents versent au maître un « droit d'écolage ».
En 1981, l'armée indonésienne engage une opération de répression brutale qui se solde par une vaste famine et la mort d'environ 250 000 habitants, soit le tiers de la population. Sans aborder le cas du Timor Oriental qui resta une colonie portugaise jusqu’en 1975 et où l’influence portugaise est indéniable, l’héritage lusitanien est en effet très limité en comparaison à leur ambition première de contrôler le marché asiatique. L’arrivée des jésuites hollandais en 1865 créa un renouveau du catholicisme à Flores, qui comptait alors environ 3000 fidèles concentrés à l’est de l’île. En 1970, 1 200 Timorais de lâEst, en grande partie issus de lâaristocratie, avaient obtenu la citoyenneté portugaise et résidaient à Dili ou dans les grandes villes de la colonie. Les investissements dans les infrastructures, la santé et lâéducation ont été minimes. Des moines dominicains se sont établis sur l'île dès 1556, et le territoire a été déclaré colonie portugaise à partir de 1596. Ce conflit entraîne la mort de 3 000 Timorais de l'Est. L'armée et l'administration portugaises évacuent les colonies d'Afrique ainsi que le très humble territoire de Timor-Est (capitale : Dili). Les Portugais ont introduit le catholicisme romain, ainsi que le système d'écriture latin, l'imprimerie et l'éducation.
Après la Seconde Guerre mondiale, les Portugais ont rapidement récupéré leur colonie, tandis que le Timor occidental est devenu partie intégrante de lâIndonésie devenue indépendante en 1949. Pour reconstruire l'économie, les administrateurs coloniaux ont forcé les chefs locaux à fournir des travailleurs, ce qui a conduit à une dégradation du secteur agricole.